Auf Grund seiner Höhenlage ist das Schneefernerhaus ein idealer Ort um die hochenergetischen Neutronen der sekundären kosmischen Strahlung zu messen. Nicht umsonst hatte deren Entdecker Victor Franz Hess sie ursprünglich Höhenstrahlung genannt.
Die Umweltforschungsstation Schneefernerhaus ist eine Messstelle sowohl des bayerischen Immissionsmessnetzesfür Radioaktivität (IfR) als auch des deutschen Radioaktivitätsmessnetzes. Alle relevanten Daten über eventuelle Umweltbelastungen werden beim Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz und nukleare Sicherheit zusammengeführt um die Bevölkerung zu informieren und gegebenefalls zu warnen.